No âmbito das Jornadas Europeias do Património, uma iniciativa da Comissão Europeia que existe desde 1985, que acontece anualmente em setembro e na qual participam todos os anos cerca de 20 milhões de pessoas, o Museu Nacional Ferroviário apresenta um programa especial para os dias 23, 24 e 25 de setembro, com acesso gratuito.
Decorre no dia 23 de setembro a 1.ª Edição do Prémio de Mérito Museu Nacional Ferroviário, que conta com a Fundação Millennium bcp como mecenas exclusivo e que premeia os melhores alunos do 8.º Ano dos Estabelecimentos Escolares da Região do Médio Tejo e Golegã.
A 24 de setembro acontece o passeio a bordo do Comboio Presidencial, peça icónica da coleção do Museu, integralmente restaurada e pronta a circular na rede ferroviária. A viagem entre Lisboa - Santa Apolónia e o Entroncamento destina-se aos vencedores dos passatempos realizados no âmbito das JEP 2016.
Destacam-se as visitas guiadas ao Museu e aos Bairros Ferroviários e Escola Camões, além da visita livre à exposição. Há ainda passeios de quadriciclos na linha e de modelismo tripulado, durante os três dias, e o Encontro Urban Sketchers Portugal, que acontece no Domingo.